2003年10月13日，国务院发布了关于改革现行出口退税机制的决定。该决定强调，按照“不欠新账，偿还旧账，改进机制，分担负担，推动改革，促进发展”的原则，中央政府将退还退税，确保不会有新的欠款。改革开放后，将建立由中央和地方政府共同出资的新的出口退税机制。该决定澄清了改革的具体内容。首先是适当降低出口退税率。二是加大对中央出口退税的支持力度。自2003年以来，中央进口环节的增值税和消费税增量首先用于出口退税。三是建立中央和地方政府共同承担出口退税的新机制。自2004年以来，根据2003年出口退税指数，超额基数的退税金额由中央和地方政府以75:25的比例分摊。四是推进外贸体制改革，调整出口产品结构。通过完善法律保障机制等，加快生产企业自营出口，积极引导外贸出口代理制度发展，降低出口成本，进一步提升中国商品的国际竞争力。同时，结合出口退税率的调整，促进出口产品结构优化，提高出口整体效率。五是累计退税由中央政府承担。 2003年底累计企业的出口退税和增值税分享制度影响的财政收入均由中央政府承担。其中，对于欠下的企业的出口退税，中央政府自2004年起采取全额利息补贴办法解决问题。

新的出口退税机制有效解决了不合时宜的退税问题。截至2004年11月20日，国家已经处理了2004年的出口退税（免税）税1669亿元，以及2003年12月31日前的出口退税。所有申请2004年出口退税申报的公司基本上可以在年底之前获得退税。应该说，新政策更好地解决了长期大量历史退税问题，实现了短期政策调整目标。无论是来自地方政府还是外贸企业，这种反映都是积极的，总体上给予了积极的评价。

新出口退税机制运作中出现了一些新情况和新问题，主要原因是局部负担不均衡，部分地区负担沉重。有些地方甚至限制采购产品的出口，限制外资项目的进出口。为此，国务院于2005年8月发布了“国务院关于完善中央和地方出口退税负担机制的通知”。 “通知”指出，在坚持中央和地方政府共同承担出口退税的前提下，应完善现有机制，并将于2005年1月1日起实施。一是调整中央的比例和当地出口退税。国务院批准的出口退税基地不变，超基地的中央和地方基地按92.5：7.5的比例分摊。二是规范地方出口退税分享方式。各省（自治区，直辖市）应当根据实际情况，制定自己的省级出口退税办法，但不得将出口退税负担分解为乡镇企业;不得采取措施，限制出口产品出口等对外贸易的正常发展。省市财政解决了市县出口退税不平衡的问题。三是完善出口退税退税方式。出口退税将从中央政府退休，中央政府将取消地方政府的出口退税基数。当地负担将在年底解决。